Vyro lytinių organų sistemą sudaro tiek išorinės, tiek vidinės dalys. Išoriniai vyro lytiniai organai apima varpą, šlaplę ir kapšelį. Vidiniai vyro lytiniai organai apima sėklinę pūslelę, sėklides, vas deferens, epididimį, prostatą, bulbouretrinę liauką ir ejakuliacijos kanalą.
Varpa yra pagrindinė išorinių vyro lytinių organų dalis, turinti ir seksualinę, ir kūno funkciją. Gali išstumti spermą (turinčią spermą) sekso metu ir pašalinti šlapimą. Šlaplė šlapimą perneša iš šlapimo pūslės, iš vyro kūno. Sperma taip pat keliauja per šlaplę.
Kiekvienas patinas turi du skreplių maišelius, kuriuose yra tam tikros vidinės vyro lytinių organų dalys (epididimas, sėklidės ir apatinės spermatozoidinės virvelės). Sėklidės yra svarbiausia vidinių vyro lytinių organų dalis, nes jos gamina ir kaupia spermą, taip pat aprūpina vyro kūną hormonais, kurie kontroliuoja vyriškų savybių ir lytinių organų vystymąsi.
Epididimas kaupia, subrandina ir perneša spermą tarp sėklidžių ir kraujagyslių, kurios nukreipia spermą į šlaplę. Sėklinės pūslelės yra greta šlaplės ir išskiria pienišką skystį, kuris galiausiai išleidžiamas per ejakuliacijos kanalą. Bulbourethral liaukos taip pat padeda išleisti spermą.
